魔法科高校的劣等生剧场版改编自佐岛勤原作小说,故事发生在二十一世纪末的日本。魔法,这不是一个传说,而是现代科学的一项技术。它被应用至今已经超过一个世纪。曾经被称为「超能力」的先天具有的才能被以“魔法”这个姓名的体系代替,高超的的魔法师被认为是国家的实力。西历 2095 年的春天,重生入学的季节。国立魔法大学附属榜首高中——通称“魔法科高中”,是由成绩优秀的“一科生”,和作为一科生候补的“二科生”所构成,他们也各自被冠上了“花冠(bloom)”,以及“杂草(weed)”之名。就在这样的魔法科高中里,一对兄妹入学了。兄长是,拥有着缺点的劣等生。小妹是,白璧无瑕的的优等生。不管什么事都抱着达观态度的劣等生兄长,和对他抱着作为血亲以上感情的优等生小妹。跟着这两人进入这间精英学校的大门,这平稳的学院,也开始了S乱的日常。每三个黑衣人组成一个小阵,每个小阵里的三个人都是背靠着背,三个背靠在一起的黑衣人没了后顾之忧,手里的长刀就只向前斩向前扫和劈,像极了一个让人着法下口的刺猬。